Попробую объяснить


Автор сообщения: Evilworder
Дата и время сообщения: 12 April 2004 at 18:21:22:

В ответ на сообщение: Непонятно

Выравнивание (alignment) двух (простейший случай) последовательностей (если для примера мы говорим об аминокислотных последовательностях, их соответствие можно выразить двумя величинами - идентичность - процент одинаковых остатков среди общего количества, и гомологичность - процент идентичных и "похожих" среди общего количества) - это процесс максимизации некоторой функции "соответствия". Мы ищем такое взаимное положение (сдвиг взад-вперед) последовательностей, и, возможно, _частей_ этих последовательностей (потому как допустимы делеции или наоборот включения), которое даст наибольший процент идентичности при разумном количестве делеций или включений (подгонять последовательности друг к другу, сажая делеции через остаток - нет никакого смысла). Есть функция, есть ряд изменяемых параметров, есть пути максимизации функции. Это - математика. Остальное - и в самом деле, чистое программирование :)
И это только простое выравнивание. Есть еще structure-based alignment, когда в ход идут еще и координаты атомов, производится суперпозиция двух молекул (глобальная, в отдельных местах возможны локальные подвижки), и привязка последовательностей друг к другу идет уже на основании пространственного расположения аминокислот. В этом случае в максимизируемой функции прибавляется еще учитываемых параметров.


1656. Можно 5 копеек от биологов? - Evilworder 03:39 12.04.04 (79)
К списку тем на странице