Как это делается сейчас


Автор сообщения: Evilworder
Дата и время сообщения: 13 April 2004 at 21:16:12:

В ответ на сообщение: Дык, это

Производится PCR (ПЦР - полимеразная цепная реакция). В реакторе присутствует ДНК, с которой надо прочитать последовательность (одноцепочечная, то бишь денатурированная до такого состояния), полимераза (молекулярный комплекс, катализирующий реакцию образования комплементарной ДНК из отдельных нуклеотидов) и набор нуклеотидов (свободных и химически модифицированных, с "пришитым" красителем, каждому из 4 нуклеотидов свой "цвет").
После присоединения модифицированного нуклеотида реакция обрывается, чего не происходит после присоединения нормального нуклеотида. В результате после некоторого времени мы имеем в реакторе весь набор олигонуклеотидов (любой длины, точнее каждой возможной длины), комплементарных исходной ДНК, и каждый из них промаркирован красителем (разного "цвета") на конце. Эта смесь разгоняется по длине (олигонуклеотидов) на полиакриламидном геле электрофорезом, а далее автомат считывает сигналы красителей (они по-разному флюоресцируют) с каждой дорожки (при этом методе не нужны 4 дорожки, достаточно одной). Длина фрагмента, который можно прочитать - до 1000-1100 нуклеотидов.
Реакция всегда начинается с одного и того же места, так что невозможно образование олигонуклеотидов одной длины но разного состава.
Процедура сия роботизирована дальше некуда и сама по себе уже не представляет проблемы.

Вопрос - а что делать с полученными кусками (допустим по 1000 нуклеотидов длиной)? Их надо для начала сшить в одну цепочку длиной в миллионы (или, например, около 3 миллиардов у человека) нуклеотидов. ПЦР проводится столько раз, чтобы перекрыть каждый фрагмент ДНК 5-10 раз. При сшивке нужно вычислить все ошибки и правильно расположить фрагменты друг за другом. А дальше начинается самое интересное - разобраться, что закодировано в этих 3 миллиардах нуклеотидов. Какие куски несут востребуемую информацию, какие - мусор (или просто еще неизвестно, какова их роль). Какие последовательности близки к аналогичным из других организмов. Проследить (предположить) возможные пути мутаций, наследования, передачи генов. То есть, если можно так выразиться, "вписать" полученную последовательность в окружающий мир, то есть в известную его часть. Нужен анализ с одновременным сравнением десятков, сотен, тысяч последовательностей, чтобы попробовать понять, откуда "пришел" в человеческий геном тот или иной ген, кому он более родственнен, кому менее, а где похожий образовался независимым от других путем - в общем, большой простор для полета мысли.
Зачем? Этот вопрос уже не ко мне :)


1656. Можно 5 копеек от биологов? - Evilworder 03:39 12.04.04 (79)
К списку тем на странице